Музей был основан в 1984 году на базе Кондопожского музея на общественных началах. Сбор экспонатов проводился краеведами Кондопожского района, инициатором создания музея стал заслуженный учитель средней школы №1 г. Кондопоги Сергей Васильевич Шежемский. В фондах Кондопожского общественного музея преобладающее место занимали коллекции документов и фотографий передовиков производства, печатная продукция советского периода, небольшая коллекция предметов этнографии.
Музей был открыт для публики 28.06.1984 г, в день 40-летия освобождения г.Кондопоги от немецко-фашистских захватчиков.
Первое название учреждения - Кондопожский городской краеведческий музей. С 1985 по 1991г. музей являлся филиалом Карельского Государственного краеведческого музея. С 1991г. музей стал муниципальным, подчинялся отделу культуры администрации Кондопожского района. В связи с реорганизацией отдела культуры с 2006г.учреждение входило в состав «Кондопожского центра культуры», в 2007г в состав «Молодёжно-культурного центра» г.Кондопоги. С 01. 01. 2008г. музей является самостоятельным юридическим лицом и называется - Муниципальное учреждение культуры «Музей Кондопожского края». С 01.01.2012г. статус учреждения - бюджетное учреждение МУК «Музей Кондопожского края».
За годы своей деятельности музей смог занять достойное место в культурной жизни города и района. В 2009 году в музее открылась историко-краеведческая экспозиция «За далью времени». Материалы экспозиции рассказывают об истории земель Лопских погостов в Обонежье XVII-XIX столетий, а также эпохе решительных преобразований XX века.
В 2011 году начала работу выставка «Как кузнец Илмаллиннэ свататься ездил». Выставка рассказывает о прошлом и настоящем культуры карелов-людиков. Это завершающее событие проекта «Путешествие в страну людиков», который музей осуществляет при поддержке благотворительного фонда В. Потанина.
Музей ведёт большую экспозиционно-выставочную деятельтность, предлагая посетителям постоянно меняющиеся выставки как из своих фондов, так из фондов других музеев Карелии, персональные выставки произведений живописи, графики, декоративно-прикладного искусства, фотографий художников и мастеров Кондопоги, Карелии и других регионов, а также естественно-научных коллекций. В течение года в музее открывается около 20 новых выставок.
Музейно-образовательная деятельность музея по программе «Познаю мир с музеем» охватывает учащихся всех городских школ, детских дошкольных учреждений, учреждений дополнительного образования. В год музей посещают более 10 тысяч учащихся. Разнообразные интерактивные занятия, экскурсии, мастер-классы знакомят детей с историей родного края, способствуют формированию ценностного отношения к культурному наследию и прививают вкус к общению с музейными ценностями.